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布里斯托尔,CNR和甲骨文加入热带病

2021-09-06 12:44:11 [来源]:

布里斯托尔大学的科学家,格勒诺布尔和甲骨文中的CNRS已经联盟,识别候选人综合疫苗,抵御蚊子疾病,Chikungunya。

这种致命疾病没有疫苗,它在法国和意大利以及它的热带地带中出现。

Phil Bates,甲骨文中的云创新建筑师,以及布里斯托大学计算机科学的荣誉教授,叙述了Imre Berger,Themax Planck-Bristol Center的总监Bristol Centry,以2018年中期来到了供应商,山区数据该团队希望分析以确定病毒的疫苗候选者。

它们的数据来自冷冻电子显微镜,但它是“服用的是生产精确的模型”,这需要“数量的计算量”。

然而,所产生的甲骨文和大学科学团队的系统涉及大量的大量计算 - 它是关于屈曲基础设施,即适用于科学项目工作流程中的每个阶段。

“我们构建的平台弹性意味着我们在过程的每个阶段都有最佳的硬件。基本上,所需的硬件是在飞行中组成的,使得能够快速和低成本执行的工作流程,“Bates说。

布里斯托尔大学的国际科学家队和弗伦文国家科学研究中心(CNRS)在格勒诺布尔队伍上致力于该项目,已发出疫苗,该疫苗可储存在温暖的温度下,除去需要制冷。

该项目的调查结果最近发表在“科学”期刊上,揭示了Chikungunya疫苗候选人的结果,该疫苗候选人使用了​​合成的“蛋白质脚手架”设计。

Chikungunya,一种受感染的蚊子咬合传播的病毒,通常会导致瘫痪的头痛,呕吐,肢体肿胀,可以导致死亡。即使发烧突然结束,慢性症状如强烈的关节疼痛,失眠和极度虚弱。

以前仅限于撒哈拉以南非洲,Chikungunya最近在全球范围内传播,因为它的蚊子宿主由于森林砍伐和气候变化而留下了自然栖息地。

CNRS在CNRS的病毒学家帕斯卡挡泥板在新闻发表中表示:“我们正在使用形成类似病毒的多聚体颗粒的蛋白质,但完全安全,因为它没有内部的遗传物质。偶然,我们发现即使在没有冷藏的数月后,这种粒子也非常稳定。“

Max Planck-Bristol Centre的Berger说:“该颗粒具有非常柔韧的暴露表面,可以容易地设计。我们可以将我们可以插入小型,无害的Chikungunya,以产生类似病毒的模仿,我们可能会用作疫苗。“

为了验证他们的设计,科学家们使用了一项最近安装在布里斯托尔的显微镜工厂的技术,该研究是该研究的共同作者的Chychristiane Schaffitzel。

Cryo-EM产生非常大的数据集,可以从近原子分辨率确定样品的结构,需要大规模的平行计算。

使用Oracle的云基础设施,研究团队开发了一种新颖的计算方法来创建“合成疫苗的准确数字模型”。

布里斯托尔大学IT专业人士智利木材和威廉姆斯,与Oracle的开发人员一起,在云上实施了软件包。

“我们能够在一小部分时间内处理显微镜在云上获得的大数据集,并且比以前认为可能的成本低得多,”树林说。

Oracle的Bates表示该项目已自由访问Oracle的Gen 2云基础设施。“通常,这些研究人员将与其他科学家分享本地高性能计算资源。在这里,它是关于优化工作流程,缩放资源,然后继续前进,“他说。

虽然在描述实验的科学推进纸上,但Bates是由背景,而不是生物学家的物理学家和计算机科学家。

尽管如此,他认为这种计算风格开辟了“合成生物学的新前沿,建立模拟,准确地模拟生物学如何工作 - 基本上是数字化的生物学。例如,当有新的流感病毒时,您可以更快地回应该流感病毒。“

作为供应商,Oracle来自此类合作的福利,表示,在“Pharma的下游应用程序中,例如”。

“我们学会在易用性方面进行云平台的变化。例如,在这个项目中,我们开发了能力,对于科学家来说,能够以编程方式了解他们在工作流程的每个阶段所需的计算量,“他补充道。

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